| # HiQBind pooled-v2 compact 图数据使用说明 |
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| ## 数据范围 |
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| 本次新增两个 pooled-v2 目录，位于 `data/hiqbind_5k_v1/`： |
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| | 方法 | system（protein–ligand pair） | graph（docking pose） | 说明 | |
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| | MedusaGraph | 4,887 | 85,764 | 所有构图成功的已发布 pose | |
| | Protenix | 4,618 | 90,354 | 4,457 个 success system，加 161 个有有效已发布 pose 的 failed system | |
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| 一个 system 最多请求 20 个 pose，故 graph 数不必等于 system 数乘以 20。`v2` 表示 pooled 构图/存储实现，**不**表示新的 HiQBind cohort；输入 cohort 仍是 `hiqbind_5k_v1`。 |
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| 两个目录均为 `gnncp_compact_v1` 格式，和本仓库旧版 DiffDock/Vina 数据使用相同的 `CompactGraphDataset` 接口和同一组 PyG 字段。v2 的主要差别是每个 shard 把静态节点/边和 pose 动态部分放在连续 tensor pool 中，以减少重复存储；训练端无需为 v1/v2 写不同 loader。 |
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| ## 下载和加载 |
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| ```python |
| from pathlib import Path |
| import sys |
| from huggingface_hub import snapshot_download |
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| snapshot_download( |
| repo_id="liofoil/copuladock", |
| repo_type="dataset", |
| local_dir="copuladock", |
| allow_patterns=[ |
| "code/compact_v2_pooled/compact_graph_dataset.py", |
| "data/hiqbind_5k_v1/medusagraph_full_v2/**", |
| ], |
| ) |
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| root = Path("copuladock") |
| sys.path.insert(0, str(root / "code" / "compact_v2_pooled")) |
| from compact_graph_dataset import CompactGraphDataset |
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| dataset = CompactGraphDataset( |
| root / "data" / "hiqbind_5k_v1" / "medusagraph_full_v2", |
| max_cached_shards=2, |
| strict=True, |
| ) |
| assert len(dataset) == 85764 |
| graph = dataset[0] |
| metadata = dataset.metadata(0) |
| ``` |
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| 将目录名替换为 `protenix_full_v2` 时，`len(dataset)` 应为 `90354`。不要直接把 shard 读成 `list[Data]`；reader 会以 mmap 按需重建单个图。 |
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| ## 图与预测结果的一一对应 |
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| `graph_index.jsonl` 每行对应 `dataset[dataset_index]` 的一张图。它保存 `dataset_index`、`source_system_id`、`raw_pose_ordinal`、`shard_index` 和 shard 内局部位置等字段；训练/推理结果至少应保留 `dataset_index`，跨运行合并时也建议保留 `source_system_id + raw_pose_ordinal`。 |
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| `graph_index_manifest.json` 记录该 JSONL、shard pointer 和图数量之间的校验结果。本发布对本机绝对路径做了脱敏；JSONL 中的 PDB 标识是相对 materialized-input 路径，原始 PDB 未随 compact 数据发布。因此它们适合样本 identity join，不应假定下载后可直接解析为本地 PDB 文件。 |
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| ## 划分 |
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| 必须先按 system 做训练/验证/测试划分，再展开到 graph index，避免同一 protein–ligand pair 的不同 pose 跨 split。`system_index.json` 的 `graph_to_system` 提供基础映射；可先按 PLINDER 或其他外部规则生成 system 集合。 |
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| Protenix 如需只使用原状态 success 的样本，可读取同目录的 `materialization_source_index.json`，按 `records[system_id].source_result_status == "success"` 过滤 system，再用 `system_index.json` 展开图 index。默认完整 Protenix v2 目录包含上述 161 个有有效 pose 的 failed system，原因是其终止状态来自蛋白对齐质量门限，而不是缺少 pose 文件。 |
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| ## 重建与代码 |
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| `code/compact_v2_pooled/` 提供 pooled builder、图索引导出/审计工具、Protenix 特殊物化器和 reader。重建仍需要独立取得原始 docking common outputs 或 materialized PDB 输入；本 Hugging Face 发布只包含训练所需 compact 图和已脱敏元数据。 |
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